Sao chổi này nằm trong quỹ đạo không ổn định phát triển theo thời gian do nhiễu loạn và bị thoát khí. Với độ nghiêng quỹ đạo thấp của Encke và quỹ đạo ngắn trong 3 năm, quỹ đạo của Encke thường xuyên bị các hành tinh bên trong hệ Mặt Trời làm nhiễu loạn.[8]

Quỹ đạo của Encke đạt gần 0,17309 AU (25,894,000 km) đến Trái Đất (khoảng cách tối thiểu giao điểm quỹ đạo).[8] Vào ngày 4 tháng 7 năm 1997, Encke đã cách Trái đất chỉ 0,19 AU và vào ngày 29 tháng 6 năm 2172, nó sẽ tiếp cận Trái Đất với khoảng cách gần đúng 0,1735 AU.[8] Vào ngày 18 tháng 11 năm 2013, nó đã đi sát sao Thủy với khoảng cách 0,02496 AU.[8] Các lần tiếp cận gần Trái Đất của sao chổi này thường xảy ra sau mỗi 33 năm.